Как известно, у Шлимана с Екатериной Петровной Лыжиной было трое детей – один мальчик и две девочки – Сергей, Наталья и Надежда. Генрих не мог контролировать рост своих детей, так как постоянно был занят делами бизнеса. Несмотря на это, он всегда был в курсе того, что с ними происходит, не отказывал им в подарках и деньгах. Он был редкий гость в огромной квартире, которая находилась в г. Санкт-Петербург по адресу – 1-я линия Васильевского острова, дом 28.

Достоверны сведения о том, что Шлиман от своей супруги узнавал о том, как растет его первенец, которая писала ему частенько письма. Кстати, многие из них сохранились. Она рассказывала и о здоровье мальчика, и о том, когда перестала кормить его грудью, и о своей усталости. Несмотря на то, что она была измотана морально и физически, она все-таки гордилась подрастающим сыном, говоря о том, что он растет прехорошеньким ребенком. Спустя несколько лет в семье Шлиман появилась дочка. Правда, она прожила совсем недолго, скончавшись в 10-летнем возрасте. Третий ребенок родился в 1861 году. Надежда получила прекрасное образование, научилась жить без опоры на родителей. Она вышла замуж за Н. И. Андрусова (академик), родила детей, потомки некоторых из которых по-прежнему живут и здравствуют, проживая в основном во Франции, Словакии.
Так уж сложилось, Генрих чувствовал поддержку только от своего старшего ребенка, т.е. от сына Сергея. Несмотря на то, что отец редко бывал дома, мальчик боготворил его, заглядывал ему в рот, пытаясь исполнить все его наказы и наставления. Будучи уже взрослым, он не поменял свое отношение к отцу, частенько писал ему письма, в которых искренне переживал за Шлимана, высказывал надежды на благоприятный исход. Сохранилось письмо, когда он писал ему во время раскопок в Трое. Удивительно, но факт: на тот момент ему было всего тринадцать лет, а он уже понимал многое, если не все. Когда отношения между Генрихом и Екатериной распались, Сергей был связующим звеном между родителями. Шлиману было трудно уезжать из Петербурга, но его успокаивало одно, что сын понял его и провожал до парохода.